Als Heimat des Tyrannen Polykrates wie auch des Philosophen und Ma­thematikers Pythagoras (Denkmal an der Hafenmole) blickt Pythagorion auf eine Jahrtausend alte Geschichte zurück.

Pythagorion ist ein malerisches Städtchen mit einem in sich fast geschlos­senen Hafen mit eleganten Yachten und Fischerbooten. Im Ort findet man enge Pflastergassen, typische Häuser und steile Treppenwege. In der Haupt­straße und am Hafen befinden sich Cafés, Bars, Tavernen und viele Geschäfte. Der Kies-Sandstrand, der sich in einer kleinen reizvollen Bucht neben dem Hafen befindet und auf der anderen Seite des Ortes bis nach Ireon erstreckt, lädt zum Baden und Wassersport ein. Die Stadt ist von der polykratischen Stadtmauer umgeben, die an vielen Stellen erhalten geblieben ist. Pythagorion ist auf den Ruinen der antiken Stadt Samos errichtet worden und an vielen Stellen kann man sehenswerte Merkmale aus dieser Zeit entdecken. Das Museum von Pythagorion beher­bergt Funde aus verschiedenen Perioden. Ca. 300 m westlich von Pythagorion befindet sich die Therme (3. Jh. v. Chr.) mit antiken Bädern. Der Eupalinos - Tunnel, eines der bedeutendsten Werke aus der Zeit des Polykrates und das Kloster Spiliani befinden sich ca. 1 km oberhalb von Pythagorion. Von dort hat man einen zauberhaften Blick über das Ägäische Meer. Unterhalb davon liegt das antike Theater, das auch heute noch für Theateraufführungen genutzt wird. Die Unesco er­klärte die Stadt Pythagorion zum Kulturerbe. Pythagorion hat viele Liebhaber gewonnen und gilt - als das schönste Städtchen der Insel.