Thuisbasis van de tiran Polykrates en van de filosoof en wiskundige Pythagoras (gedenkteken bij de haven) kijkt Pythagorion terug op een eeuwenoude geschiedenis.

Pythagorion is een schilderachtig stadje met een bijna geheel gesloten haven met elegante jachten en vissersbootjes. In het plaatsje zelf liggen nauwe, bepleisterde steegjes, typische huisjes en steile trappen. In de hoofdstraat en rondom de haven zijn cafés, souvenirwinkels, supermarkten, boetiekjes, sieradenwinkeltjes, discotheken, bars en taveernen. Het kiezelzandstrand, dat in een mooie baai naast de haven ligt en zich ook aan de andere kant van de plaats zich 6 km naar Ireon uitstrekt, nodigt uit om te zwemmen en watersport te beoefenen. De stad is door een stadsmuur omgeven die op vele plaatsen behouden is gebleven. Pythagorion is op de ruïnes van de antieke stad Samos gebouwd en op veel plekken kan men belangrijke gedenktekens vinden uit deze tijd. Het museum van Pythagorion herbergt vondsten uit diverse perioden. Op ca. 300 m ten westen van Pythagorion ligt de thermen (3e eeuw v. Chr.) met antieke baden. De Eupalinos-tunnel, een van de belangrijkste bouwwerken uit de tijd van Polykrates en het klooster Spiliani liggen iets boven Pythagorion. Van daaruit heeft men een betoverend uitzicht over de Egeïsche Zee. Iets daaronder ligt het antieke theater, wat nog steeds gebruikt wordt voor theatervoorstellingen. De UNESCO heeft de stad Pythagorion uitgeroepen tot werelderfgoed. Pythagorion heeft veel fans en geldt, naast Kokkari, als het mooiste stadjes van het eiland.